共に1体倒されても問題ありません。ですが、後で倒された方が復活する際、耐久値が低めになって登場します。
コスト3000の方が先に倒れた方が、トータルでの耐久値は多くなります。このため、3000に前方で頑張ってもらい、2500は後方で援護気味に戦いましょう。
3000が倒された後に、2500がやや前に出て戦い、2500が倒された段階で3000が半分近く耐久値が残る程度になっているのがうまい調整と言えます。
最初に相方が倒されたときに同じく一緒になって敵に突っ込み倒されますと、相方が耐久値満タンにも関わらず、自分は耐久値が低い状態で復活し、結局あまり前に出れずに相方に負担をかけることになります。
そうならないように、後で倒される方は体力調整をやや多く残すイメージで行うようにしましょう。
極端に言えば、2500機体は前に出ずに常に後ろから敵2機をしっかりと確認して行動し、攻撃を食らわないように序盤は戦うことをお薦めしまます。前に出て強引に格闘攻撃をしたいと思う場面もあるでしょうが、よほどのことがない限り自重するくらいの気持ちでプレイすると、結果的に有効にコストを使いこなすことができます。